Balai Besar Perbenihan dan Pelindungan Tanaman Perkebunan (BBPPTP) Surabaya merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pusat dari Direktorat Jenderal Perkebunan Kementerian Pertanian yang pertama kali dibentuk berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 08/Permentan/OT.140/2/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Perbenihan dan Proteksi Tanaman Perkebunan (BBPPTP) Surabaya dan kemudian diubah menjadi Direktorat Jenderal Perkebunan melalui perubahan Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Perkebunan.
BBPPTP Surabaya mempunyai peranan strategis dalam memberikan dukungan atas produksi, produktivitas dan mutu tanaman perkebunan berkelanjutan melalui kegiatan dukungan pengujian dan pengawasan mutu benih serta penerapan teknologi pelindungan tanaman perkebunan. Sebagai organisasi yang menangani masalah perbenihan dan proteksi tanaman perkebunan, BBPPTP Surabaya memerlukan pembenahan sistem koordinasi dan sinkronisasi yang baik dengan didukung oleh aparatur yang profesional.
Sejalan dengan itu maka pembangunan aparatur negara dilakukan melalui reformasi birokrasi untuk meningkatkan profesionalisme aparatur negara dan untuk mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik (good governance). Untuk itu perlu dilakukan pembenahan pada struktur organisasi pada Direktorat Jenderal Perkebunan melalui perubahan Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Perkebunan menjadi Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesi Nomor 8 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Perkebunan. Sesuai Permentan tersebut, BBPPTP Surabaya mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan perbenihan dan pelindungan tanaman perkebunan.