Balai Besar Perbenihan dan Proteksi Tanaman Perkebunan Surabaya (BBPPTP) Surabaya merupakan UPT yang berada di bawah Direktorat Jenderal Perkebunan dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perkebunan.
Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Perkebunan, struktur organisasi BBPPTP Surabaya terdiri atas Kepala Balai, Bagian Umum dan Kelompok Jabatan Fungsional.